З 2014 року АМПУ очолює Андрій Амелін. СБУ підозрює його у нанесені збитків державі у розмірі понад три мільйони гривень: у 2015 році Амелін задорого закупив паливно-мастильні матеріали.
Влітку 2016 року слідчі спробували арештувати підозрюваного, але Шевченківський райсуд Києва випустив Амеліна під заставу у 1,3 млн грн. Втім, на посаду чоловік поки що не повернувся: Амелін тимчасово відсторонений від керівництва. Наразі в.о. голови ㅡ Юрій Наконечний.
Згідно штатному розпису апарату управління АМПУ, голова адміністрації морських портів України” за місяць роботи заробляє ㅡ 320 тис. грн. Відтак за рік його зарплатня може дорівнювати ㅡ 3,8 млн грн.
Місячна заробітна плата першого заступника Юрія Наконечного, який нині є в.о. керівника АМПУ ㅡ 280 тис. грн.
Іще два заступники голови: із логістики ㅡ Вячеслав Вороний та заступник з безпеки Віктор Мигалюк ㅡ отримують по 260 тис. грн за місяць, що дорівнює 3,1 млн грн за рік.
Нещодавно був звільнений третій заступник Амеліна з фінансів ㅡ Микола Полторацький, який також отримував 260 тис. грн за місяць.
Посадовий оклад, розміром в понад сотню тисяч гривень, має не лише керівництво адміністрації, а й у персонал:
Керівник юридичної служби АМПУ ㅡ 220 тис. грн/місяць, 2,6 млн грн/за рік.
Заступник начальника юридичної служби ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник відділу внутрішнього фінансового контролю ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/за рік;
Начальник служби управління персоналом ㅡ 220 тис. грн/ місяць, 2,6 млн грн/за рік.
Начальник інженерної служби ㅡ 220 тис. грн/місяць, 2,6 млн грн/рік.
Начальник відділу матеріально-технічного постачання ㅡ 128 тис. грн/ місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник служби підводних гідротехнічних споруд ㅡ 220 тис.грн/місяць, 2,6 млн грн/рік.
Заступник начальника служби підводних гідротехнічних споруд ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник технічної служби ㅡ 160 тис. грн/місяць, 1,9 млн грн/рік.
Начальник відділу з організації закупівель ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник відділу логістики та євроінтеграції ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник служби інформаційних технологій ㅡ 220 тис.грн/місяць, 2,6 млн грн/рік.
Начальник служби безпеки мореплавства ㅡ 160 тис. грн/місяць, 1,9 млн грн/рік.
Головний бухгалтер централізованої бухгалтерії ㅡ 220 тис.грн/місяць, 2,6 млн грн/рік.
Начальник служби економіки та тарифоутворення ㅡ 220 тис.грн/місяць, 2,6 млн грн/рік.
Начальник відділу економіки та планування ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник відділу тарифоутворення ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник відділу загальної безпеки ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник відділу економічної та внутрішньої безпеки ㅡ 220 тис.грн/місяць, 2,6 млн грн/рік.
Начальник відділу захисту економічних інтересів ㅡ 128 тис. грн/місяць, 1,5 млн грн/рік.
Начальник служби впровадження та контролю виконання вимог міжнародного кодексу з охорони суден і портових засобів ㅡ 160 тис. грн/місяць, 1,9 млн грн/рік.
Андрій Амелін фігурує у декількох кримінальних провадженнях. Окрім закупівлі палива, слідчі перевіряють законність тендеру на днопоглиблювальні роботи у Бердянському та Маріупольському портах на 712 млн грн. Раніше про незаконність цієї закупівлі повідомляло ДФІ. Однак АМПУ проігнорувала зауваження Держфінінспекції.
За повідомленням прес-служби, дохід Адміністрації морських портів України в 2015 році склав 8 млрд грн., чистий прибуток підприємства ㅡ 3,8 млрд грн. Обов'язкові платежі до бюджетів усіх рівнів, а також цільові фонди склали 2,6 млрд грн.