Не пугайтесь слова "мутация": что важно знать о новом штамме коронавируса

Блоги

23.12.2020 11:30

Олександр Коляда, «Лига.net»

Блоги

​У Британии опять новости, теперь не очень радостные. Так как они много и хорошо не только тестируют, а еще и изучают коронавирус, они способны многое заметить.

В частности новый штамм, который называется VUI-202012/01 (от Variant Under Investigation in December 2020, вариант 01). Он отличается на 17 мутаций, часть из которых затрагивает самый щепетильный участок - S белок вируса, который связывается с человеческим рецептором и отвечает за проникновение вируса в клетку. Новый штамм обнаружили уже в Великобритании, Дании, Нидерландах и Австралии.

Слова «мутация», или числа (17) не надо бояться. Из 30 000 букв генома коронавируса во всем мире мутировало уже 2/3. Не одновременно, но в разных местах во всем мире мы можем встретить уже 2/3 тех вариаций вируса, которые могли бы произойти. Если бы среди них были те мутации, которые дают вирусу принципиально новые свойства, мы бы уже их могли найти. Не за всеми мутациями конечно активно следят, могут быть и комбинации мутаций, и не все нуклеотиды вируса мутировали, но многое из того что могло произойти, уже произошло. Так что мы сейчас где-то в том месте пути, где пройдено больше, чем осталось. Мутация -- это природный процесс, и не связан с монстрами-которые-нападают, и супергероями-в-трико.

Что мы знаем про новый штамм

Пока мало, и все действия которые в связи с ним предпринимают направлены на изучение и предотвращение потенциальных угроз. Мы знаем что он возник, как минимум, в сентябре. Есть косвенные данные, которые говорят что он распространяется быстрее обычного. Почему косвенные, потому что это еще надо доказать. Подобная история была с мутацией D614G, которая также входит в 17 отличительных черт этого штамма, но возникла еще весной. Она быстро распространилась во многих странах Европы, что могло быть связано с ее повышенной склонностью к распространению (трансмисивностью). Но потом ученые показали что такого свойства у мутации, по-видимому, нет, и все дело в эффекте основателя – кто первый в закрытую страну пришел, том там больше и размножился. Пока все данные говорят о том, что новый штамм распространяется на 71% быстрее чем остальные. Но как это объяснить, пока не понятно. Дело может быть в каком-то особом очаге – буфетчице в популярной столовой, или действительно в новых свойствах вируса. Ответ на это даст или мокрый эксперимент с человеческими клетками и вирусом, или анализ геномных данных из разных стран за разные периоды.

Еще мы знаем про повышенную вирусную нагрузку от этого штамма. Это значит что при анализе этого вируса в тканях человека его количественно больше чем при инфекции другими штаммами. Это может быть хорошо для ПЦР диагностики, потому что тогда его легче заметить. Но возможно это плохо для человека, потому что чем больше вируса в организме, тем выше риск последствий для здоровья. Но это тоже еще надо показать в эксперименте.

Мы не знает есть ли от этого штамма повышенная смертность или тяжесть заболевания. Тут есть три варианта – они могут оказаться выше, ниже или такими же, как и раньше. Пока данных нет, так что все три сценария надо принять как равновероятные.

Почему тогда столько шума?

В основном потому что среди 1000 заразившихся четверо, по-видимому, заразились повторно. Это говорит о возможном новом свойстве «ускользания от иммунного ответа». Повторные заражения были и раньше, тут нет сюрприза. Но 4 на 1000 – это подозрительно часто. Опять-таки может оказаться что это статистическая случайность, а может и правда новое свойство вируса. Думаю мы узнаем ответ еще до Нового Года.

Из 17 характерных для штамма мутаций, наиболее важной является мутация N501Y – замена аспарагина на тирозин в положении 501, что как раз находится в том месте, которым вирус связывается с рецептором. Если новое свойство вируса подтвердятся, то по всей видимости они будут связаны именно с этой мутацией, и она сможет объяснить повышенную инфекционность. В целом, штамм относится к подгруппе B.1.1.7 коронавируса, которая особо быстро эволюционировала, и уже приобрела 14 несинонимичных мутаций и несколько делеций (изменения, которые отражаются в белках вируса). Это говорит о том, что этот штамм является логическим продолжением постепенной эволюции вируса, а не возник искусственно или быстро.

Связана ли мутация с проведением вакцинации в Британии?

Нет, вакцинацию начали в декабре, а мутация обнаружена в образцах собранных еще в сентябре. Да и найдена она и во многих других странах где вакцинации нет.

Значит ли что старые тесты на вирус не выявят новый штамм?

В Украине большинство тестов определяет две мишени в вирусе, и не затрагивают RBD участок вируса. Это значит что риски того, что тесты не будут выявлять новый штамм крайне малы.

Будет ли вакцина работать для нового штамма?

В новом варианте есть мутации в белке шипа, на которые нацелены три ведущие вакцины. Однако вакцины провоцируют нас вырабатывать антитела на многие участки в этом белке, поэтому маловероятно, что одно изменение сделает вакцину менее эффективной. Если в тексте конституции сделать опечатку, то мы, чаще всего, все равно понимаем о чем текст. Да, он с опечаткой, но изменить суть текста опечаткой очень сложно. Ситуации с «казнить нельзя помиловать» в любых текстах встречаются, но редко.

По мере появления новых мутаций, действительно может потребоваться изменение вакцины. Это происходит с сезонным гриппом, который меняется каждый год, и состав вакцины корректируется соответствующим образом. Во-первых, вирус SARS-CoV-2 не мутирует так быстро, как вирус гриппа, так что такие изменения следует ждать обязательно, но медленней. Во-вторых, РНК вакцины, которые уже доказали свою эффективность, делаются по технологии, которая позволяет адаптировать вакцину под новые штаммы намного быстрее чем старые технологии. Конечно эффективность новых вакцин снова надо будет тестировать.

В целом не произошло ничего такого, чего мы не ожидали. Пока нет данных о влиянии новых мутаций на тяжесть заболевания и смертность, есть только на скорость распространения.